미동산수목원은 전문수목원·산림교육관·식물종자은행·수목산야초연구센터·자연체험캠프 등으로 이루어져 있다. 수목원의 중심을 이루는 전문수목원은 온실·기념식수원·단풍나무원·유전자보존원·침엽수원·야생초화류원·무궁화원·애완곤충생태원 등 11개 원으로 구성되어 있다. 

야생초화류원에는 수생·고산식물 등 100여 종 8만 본이 식재되어 있고, 별도의 육묘장에서는 130종 16만 본의 육묘가 자란다. 무궁화원은 무궁화통일동산으로 불리는데, 총 2만 650본의 무궁화가 식재되어 있고, 야외학습장·관찰로 등 교육시설과 편의시설이 갖추어져 있다. 애완곤충생태원에서는 나비류·딱정벌레류 등의 곤충과 기주식물(寄主植物)·흡밀식물(吸蜜植物) 등을 볼 수 있다.